MT4でEAを2つ以上稼働させる場合、基本は「ひとつのMT4でひとつのEA」です。システム上ひとつのMT4でEAを2つ以上稼働させることは可能ですが、相互干渉のリスクがあるのでおすすめではありません。相互干渉が起きてしまった場合は、EAでエラーが起きてしまう可能性があります。EAを2つ以上稼働させたいときは、EAごとにMT4をインストールするようにしてください。
またEAごとにMT4を分ける、つまり口座を分けることで資金管理をしやすくなるというメリットもあります。EAごとにMT4つまり口座を分けることで、他の口座でのトレードに影響を与えることもなくなります。複数アカウントを保有している場合のロスカットは口座ごとに行われます。たとえばひとつのEAで大きく損失を出してしまいロスカットされてしまっても、他の口座には影響を与えません。EA同士で損益を相殺することはできませんが、損益がEAごとに独立しているので、EAごとの資金管理がしやすくなります。トレードごとにMT4を使い分けることで、トレードの検証がよりかんたんにできます。相互干渉を避けるためだけでなく管理の利便性の点からもEAを2つ以上稼働させる場合は、EAごとにMT4を分けることを推奨します。